人类腺病毒（Human Adenovirus, HAdV）是引起多种呼吸系统疾病的常见病原体。HAdV感染广泛，主要影响儿童和免疫力较弱的人群。特别是5岁以下的儿童，免疫系统尚未完全发育成熟，对病毒的抵抗力较弱，容易感染HAdV。HAdV在儿童中常引起呼吸道感染、胃肠炎和结膜炎。目前国内尚无针对腺病毒感染的特异性抗病毒药物，也无腺病毒疫苗，部分轻症的腺病毒感染大多呈自限性。同时在对HAdV感染患者的研究中，经常发现新的重组株，重组是HAdV进化和新致病株出现的主要驱动因素，重组株广泛传播并引起多次局部爆发。病毒通过重组引起的遗传多样性被认为是新发疫情的主要来源，新发病原体对全球公共健康构成重大威胁。
针对腺病毒重组型的研究和分析，2024年5月22日，江苏省疾病预防控制中心急性传染病防治所在《 Infection and Drug Resistance 》（影响因子4.177）杂志发表题为《Genotypes and Phylogenetic Analysis of Human Adenovirus in Hospitalized Pneumonia and Influenza-Like Illness Patients in Jiangsu Province, China(2013-2021)》的文章。这项主要围绕江苏省66名HAdV感染患者（37名ILI患者和29名肺炎住院患者），希望能够帮助深入对人腺病毒流行病学和进化的理解。
实验设计与流程
这项研究是从江苏省（南京、苏州、泰州和徐州）不同的哨点医院采集咽拭子样本进行呼吸道多病原体监测。在282例腺病毒阳性患者样本中，只有66例患者样本（37例ILI患者和29例肺炎住院患者）成功分离出HAdV。因此，从这66名患者中选择样本进行后续测序分析。
研究人员采用人表皮样喉癌细胞系（Hep-2，项目编号FH0119）接种HAdV咽拭子样品进行HAdV分离和培养，核酸提取后对成功验证的扩增产物进行第一代测序，以获得HAdV的初步分型数据；同时采用北京微未来科技有限公司的ULSEN®超灵敏度腺病毒全基因组捕获试剂盒，对提取的总病毒DNA进行全基因组特异性扩增进行二代测序，并针对测序数据进行分析。
实验结果与讨论
研究中的66个测序样本均来自江苏省（苏州31例，徐州18例，南京14例，泰州3例）。大多数住院的HAdV感染的肺炎患者来自苏州（31.0%）和徐州（62.1%），而大多数感染HAdV的ILI患者来自南京（37.8%）和苏州（59.5%）。从2013年到2021年，HAdV感染人数不断变化。其中，2015年感染HAdV的ILI患者较多，而2020年感染HAd V的住院肺炎患者较多。在HAdV阳性的ILI患者中，大多数（n=28）感染了HAdVB菌株。在HAdV阳性的住院肺炎患者中，大多数（n=20）感染了HAdVC菌株。HAdVB3和HAdVB7基因型的菌株主要在2015年和2017年感染，HAdVC1和HAdVC2基因型的毒株主要在2020年感染。此外，直方图分析结果显示，HAdV毒株主要感染5岁以下儿童。
图为HAdVB和HAdVC全基因组系统发育分析
WGS分析揭示了江苏省HAdV菌株的进化关系和重组事件，有助于加深对HAdV流行病学和进化的理解。此外，它为江苏省公共卫生策略的制定提供了基础。
参考文献：
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