鼠疫(plague) 是由鼠疫耶尔森菌 (Yersinia pestis)引起的一种发病急、传染性强、病死率高的烈性传染病，又称黑死病。我国传染病防治法将鼠疫列为甲类传染病。鼠疫病型包括肺鼠疫、腺鼠疫、败血型、脑膜炎型鼠疫、眼鼠疫、肠鼠疫、皮肤型鼠疫等。其中腺鼠疫、肺鼠疫和败血型鼠疫最为常见。临床主要表现为高热、淋巴结肿痛、出血倾向、肺部炎症等。鼠疫传染性强，如果不治疗，病死率高达30%~60%。
鼠疫是一种自然疫源性疾病，其自然疫源地分布在亚洲、非洲、美洲的60多个国家和地区。我国目前存在着12种类型的鼠疫自然疫源地，主要在西藏和青海，其他地区也有散发。
人类对鼠疫普遍易感，没有天然免疫力，但病后可获持久免疫力。人间鼠疫流行，均发生于动物间鼠疫之后。人间鼠疫多发生在6~9月，肺鼠疫多在10月以后流行，这与鼠类活动和鼠蚤繁殖情况有关。
鼠疫有哪些传染源
1.鼠疫染疫动物：最主要的传染源是啮齿类动物如鼠类、旱獭等。
2.鼠疫患者：主要是肺鼠疫患者，在疾病早期即具有传染性。败血型鼠疫、腺肿发生破溃的腺鼠疫患者等也可作为传染源。无症状感染者不具有传染性。
鼠疫的传播途径
鼠疫原发于自然疫源地的啮齿类动物等宿主动物之间，在一定条件下通过跳蚤叮咬及其他途径（直接接触传播、呼吸道传播）传播给人类。
1.病媒生物传播：从动物-跳蚤-人的传播，是鼠疫最主要的传播途径，多为腺鼠疫。
2.直接接触传播：人类通过捕猎、宰杀、剥皮及食用等方式直接接触染疫动物造成感染。
3.呼吸道传播：肺鼠疫患者或动物呼吸道分泌物中含有大量鼠疫杆菌，可通过呼吸、咳嗽将鼠疫杆菌排入周围空气中，形成细菌微粒及气溶胶，引起原发性肺鼠疫。
鼠疫的发病机制
人被染疫蚤叮咬或直接接触染疫动物后，鼠疫菌通过叮咬或破损的皮肤、黏膜侵入人体，通过淋巴系统扩散，在巨噬细胞内繁殖，造成淋巴结肿胀、充血、坏死，引起出血性坏死性淋巴结炎，表现为腺鼠疫；鼠疫菌通过淋巴循环入血形成菌血症，发展为败血症型鼠疫；鼠疫菌进入肺部，引起继发性肺鼠疫；如果吸入含有鼠疫菌的飞沫或气溶胶，则引起原发性肺鼠疫。鼠疫菌还可突破血脑屏障，造成脑膜炎型鼠疫。
得了鼠疫后有哪些症状
鼠疫的主要表现为发病急剧，寒战、高热、体温骤升至39~41℃，剧烈头痛等。重症患者可出现血压下降、意识不清等。同时，还可以分为腺鼠疫、肺鼠疫、败血症性鼠疫等。
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腺鼠疫是最常见的类型。腺鼠疫最主要的特点是受侵袭的部位所属淋巴结肿大，好发在腹股沟、腋下、颈部和颌下等部位，主要通过带菌的鼠蚤从动物向人传播。
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肺鼠疫是会伴有呼吸道症状的类型，患者在发病后可出现剧烈胸痛、咳嗽、咳大量泡沫粉红色或鲜红色的血痰，呼吸急促、呼吸困难等。肺鼠疫可以通过呼吸道传播。
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败血症型鼠疫亦成为暴发型鼠疫，是最为凶险的一型，病死率极高。“黑死病”指的就是败血症型鼠疫，患者因皮肤广泛出血、瘀斑、发绀、坏死，死后尸体呈黑紫色。该型可分为原发性和继发性，继发性败血症型鼠疫通常是由腺鼠疫、肺鼠疫等病情加重发展而成。
其它类型鼠疫:肠鼠疫、脑膜炎型鼠疫、眼鼠疫、皮肤鼠疫均少见。
高通量测序技术可以帮助：
1.鉴别暴发：在日常监测中，对表现为散发的病例分离株，通过基因组测序比对，能够从其中发现一些序列一致或非常相似的菌株，提示这些病例可能有共同/连续暴露，感染了同一来源或相关联来源的病原细菌。
2. 追踪鼠疫病原菌传播：全基因组比对分析技术能够针对一起暴发疫情追踪到病原菌的精细传播链。
3. 发现新的传播模式和途径：获得鼠疫病原细菌分离株的全基因组序列，能够更精细地分析病原菌变异特征，实现精准区分克隆群和传播关联的作用。
4. 发现新的克隆群：新出现的流行克隆群和暴发菌株会呈现一些新的基因组特征，这些表型特征能在流行或暴发中导致高病死率和治疗失败。
5. 鼠疫病原细菌基因组学监测的网络化：由于传染病能够跨地区传播，因此需要开展以病原菌基因组测序比对为技术基础的、不同地区共同参与的网络化实验室监测。
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