【文献阅读】我国研究团队发文:北京新冠疫情爆发期间未见新变异株

新冠肺炎大流行已持续3年,仍是全球关注的问题。鉴于新冠病毒的广泛传播和不断演变,全球出现了许多变种。由于此前国内实行清零政策对COVID-19进行了有效的抑制,先前感染的人较少,但近3年来,境外输入病例频繁出现,随着国内疫情政策调整,放弃清零后,迎来了第一个感染高潮,期间无论是国内还是国外,都在担心出现SARS-CoV-2新变种。

 

2023 年 2 月 8 日,北京疾控中心副主任王全意团队联合高福院士团队在国际权威医学期刊《柳叶刀》(The Lancet)发表了题为 Characterisation of SARS-CoV-2 variants in Beijing during 2022: an epidemiological and phylogenetic analysis 的文章,该研究测序分析了2022年北京地区近3000个新冠输入病例及本土病例的有效病毒样本,表明没有在近期疫情中发现新的新冠变异株。

文中表示,新冠疫情至今已在全球持续近3年,出现了大量变异株并导致了多次流行,如Alpha (B.1.1.7)、Beta (B.1.351)、Gamma (P.1)、Delta (B.1.617 .2)和Omicron (B.1.1.529),其中,Omicron因空前数量的突变和更高的传播性,迅速取代其他流行株在全球扩散,且出现了不同的变异谱系。在2022年12月之前,中国采取了和其他国家不一样的疫情应对策略以阻断新冠病毒传播,如2020年武汉封城、之后的动态清零和精准防控等,随着奥密克戎毒株致病力减弱、疫苗普及等因素,2022年11月中旬,中国调整了防控策略。随着防控政策调整,疫情的迅速发展引发了全球关注,也引起了关于新变异株是否出现的担忧。

左图C表示2022年全年在北京流行的新冠变异株构成情况,右图D表示20221114日以后在北京传播的新冠变异株构成情况。图/《柳叶刀》

在研究中,作者对北京地区 2022 年检出的 COVID-19 样本进行了分析。使用快速、大规模测序技术生成基因组序列,并使用现有的高质量 COVID-19 序列分析其进化历程和种群动态。
研究共纳入 2881 个高质量序列(其中境外输入型病例来自 63 个国家和地区),在 2022 年 11 月 14 日(感染病例数量开始急剧增加)至 12 月 20 日期间,随机选择了 413 个新样本进行测序。其中 350 例为本地病例,63 例为输入型病例。所有这些基因组均属于现有的123个Pango谱系,由此表明没有持续的主导变异株或新的谱系,没有发现任何在北京流行的新变异株。目前BA.5.2和BF.7在北京占主导地位,自2022年11月14日以来占本地病例的90%(本研究中测序的350例本地病例中有315例)。同一时期,在输入病例(n=63)中发现了16种变异株,包括BQ.1、XBB等。总之,自2022年11月14日以来,BF.7和BA.5.2在北京爆发,目前没有证据表明出现了新的变异。
 

2022年11月14日至12月20日,北京地区发现的亚变异株。图/《柳叶刀》

文章指出,该研究存在一定局限性,如只分析了北京而非中国大陆其他地区,而大规模核酸检测的停止导致感染人数可能被低估、数据采集存在一定的抽样偏移等。不过,这些数据很好地反映了真实世界的情况。虽然数据仅来自北京,但由于北京是政策调整后受到影响最大的城市之一,且由于频繁的人员流动和病毒的高传播力,该结果可视为全国情况的缩影。

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